A partir de 2001 se ha intentado implantar el proyecto del Nuevo Aeropuerto dentro del territorio de los Municipios de Atenco y Texcoco tradicionalmente una zona lacustre de vocación agrícola. Los ejidatarios de Nexquipayac y San Salvador Atenco han sufrido la represión por parte del gobierno estatal y federal. Actualmente el proyecto se realizara en Zona Federal pero que implica un despojo de los territorios y una creciente urbanización.
De llevarse a cabo la desecación del lago generarían un calentamiento excesivo en la Megalópolis de la Ciudad de México.
Oposición de vecinos, organizaciones y académicos contra el proyecto de construcción de la Autopista Urbana Oriente. Este proyecto tendría grave impacto ecológicos y sociales.
De manera directa e inmediata se afectan 43 has de los camellones centrales de Periférico, en los que se encuentran 15 has de zonas verdes entre las que se encuentran manchones de pino y otros árboles plantados por los habitantes a finales de la década de 1970; 10 has correspondientes a un Área Natural Protegida que incluye la zona de humedales de Xochimilco; 9 has de espacios públicos y recreación; 5.5 has correspondientes a dos Parques Recreativos “Patolli” y 3.5 has del Estado de Fútbol Americano “Jacinto Licea”, además de dos centros culturales, dos gimnasios al aire libre, dos canchas de frontón, tres zonas de juegos infantiles, tres canchas de fútbol rápido y cuatro canchas de basquetbol.
Vecinos de los municipios de Temixco y Xochitepec se oponen a que la empresa minera Esperanza Silver (empresa Alamos Gold) explote los cerros El Jumil y Colotepec para la extracción de oro y plata. La comunidad segura que serán afectados en el consumo de agua potable y corren riesgos en su salud por la utilización de cianuro. El proyecto, además, está muy cercano a la zona arqueológica de Xochicalco.
Desde el 2004 iniciaron las empresas privadas transnacionales de energía a invertir en la reserva de tierras en todo el Istmo Sur de Tehuantepec, negociando a nivel individual con comuneros y ejidatarios, ofreciendo rentas en previsión de futuros parques eólicos. A partir de esta negociación individualizada dio inicio la división de la población entre quienes recibían rentas y quienes vieron la amenaza sobre la pérdida de soberanía sobre las tierras y territorios de propiedad social. Sobrevino el debilitamiento de las formas de tradicionales de organización y toma de decisiones a través de las asambleas comunitarias. Entre 2007 y 2013 la comunidad de San Dionisio del Mar y la comunidad de Álvaro Obregón lograron detener uno de estos proyectos, instalación del proyecto de la empresa Mareña Renovables, S.A.P.I., sobre la barra Santa Teresa dentro del sistema lagunar y estuarino de la costa del Istmo de Tehuantepec. Otros procesos de resistencia se han organizado en los municipios de Unión Hidalgo, Ciudad Ixtepec, La Venta, La Ventosa, Santo Domingo Ingenio. Todos los pueblos del Istmo se hallan divididos y viven bajo tensión por conflictos agrarios, asesinatos por competencia entre actores diversos, amenazas a luchadores sociales.
